Un des avantages du jardin au naturel est qu'il ne demande pas beaucoup d'entretien. Evidemment, certains aménagements nécessitent plus de soins que d'autres : notamment la haie à tailler (l'effort et la fréquence de taille dépendent de type de haie), la mare à surveiller régulièrement pour éviter que ne se développent des algues ou des bactéries, la prairie à faucher une fois les pantes fleuries, les nichoirs à nettoyer en automne...

Mais si la taille de votre jardin le permet, vous pouvez laisser certains endroits sans intervention aucune; ce qui aura pour effet de transformer le terrain en friche qui abritera de nombreuses espèces. Toutefois, il est conseillé de débroussailler au moins tous les 10 ans pour éviter un reboisement complet.

Attention, l'entretien d'un jardin naturel induit des pratiques respectueuses de l'environnement. L'emploi d'herbicides ou de pesticides doit y être proscrit au profit d'une lutte biologique : traitements à base de plantes (purin d'ortie, décoction de prêle,...) ou de produits autorisés dans le jardinage biologique (bouillie bordelaise, savon noir...), favoriser le développement des insectes auxiliaires (coccinelles, chrysopes...) dans son jardin.